アメリカ留学 Day98 いい気分でiPadを使って論文を読む (中編)

デジタル時代の論文の読み方(仮)

業界をキャッチアップするためには常に最新の論文を読み続ける必要があります。

また、NatureやScienceは毎週目を通したほうが良いです。

…などと偉そうなことを言っていますが現状上手くできていませんでした。
とりあえずFeedlyに論文誌のRSSを登録して流し見しているような状態です。

時間だけはたっぷりある現状を活かして、うまく最新情報をキャッチアップしつつ、論文執筆にも繋がる論文読みの方法を考えてみました。

全体像は以下の図の様になっています。

この記事では以下の5点のうち、1と2を扱います。

1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法
2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法
3. PCではどのソフトでPDFファイルを読むべきか
4. 文献管理ソフトはどれが良いか
5. 論文の共同執筆に対応する良い方法は

1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法

Researcherというサービスを使います。

Researcher | An App For Academics -> https://www.researcher-app.com/

Resercherの細かい解説をしても仕方ないので各自調べてください。
開放しているコメント欄で質問してくれてもOKです。

このResearcherにはMendeleyと連携することで、マークを付けた論文情報をMendeleyに直接インポートすることが可能という神機能があります。

Mendeleyとの連携を設定する画面だけ少しわかりにくいので図示すると、以下の様にPapersのアプリで印を付けた論文のタブにアクセスして、右上のメニュー引き出しボタンをクリックしたあと、Mendeleyのアイコンをクリックすれば連携のための認証画面に飛びます。

Mendeleyとの連携が完了したら、Feedから気になった論文に印を付けましょう。

印が付けられた論文はMendeleyのMy Libraly->Researcer Appというフォルダの中に論文URLなどの必要な情報と共に収められています。

すばらしいですね。

2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法

注　この方法は複数のMendeley間の完全なPDF同期の方法では有りません。

データーベース情報のみを同期します。母艦以外のMendeley上(&ブラウザ版)ではアノテーションされたPDFは同期されません。（が、Mendleyを使わずに閲覧すればよいのです。）

Mendeley専用クラウド上のPDFにアクセスして手書き出来るiOS用アプリケーションにPaperShipというものがあります。これは、かなり完璧に思えるのですが、同期の調子や、Apple pencileとの相性があまり良くありません。また、開発も途絶えかけています。

iPadで論文を読むWorkflow｜てくてくぷれいす -> https://murabitoleg.com/ipad-paper-workflow/

そこで、PaperShipを使わずに（できるだけ）同じことが出来るようにします。
まず、母艦コンピュータのMendeleyを開き、PDFファイルをMendeley専用のクラウドとの同期を停止します（そのままだと同期のコンフリクトが起こります）。
この設定は以下の様に、All Documents欄のEdit Settingsボタンをクリックして、Synchronize atacched filesのチェックを外すことで行います。
このチェックを外しても、書誌情報やデーターベースはWeb上のMendeleyやiOS版のMendeleyとも共有されるので論文推薦機能やWordとの連携などに影響を与えることはないはずです。

次に設定メニューを開き、File Organizerタブを選択して以下の様にDropboxにPDFファイルを整理するような設定とします。
（Dropboxでなく、Google driveやBoxでもいいはずです。）
フォルダ分けの設定(Sortfiles into subfolders)とファイル名の付け直し規則(Rename documents files)は好みで良いと思います。

ここでは後々PDFファイルをiPadから探すのでこのようにしています。
こうすると出版年→ジャーナル→著者名で探すことになり、見つけやすいです。
また、ファイル名が整っていると他の人に論文を共有するときかっこいいです。

これでPDFファイルを複数デバイスで共有するための準備が整いました。

次にこのファイルに対してアノテーションをiPadから行います。

PDF Expertを用いました。

このiOSアプリは無料ですが、PDFにApple Pencilを使った手書きができます。

なかなか使い心地も良く、かなり細かい字で注釈を書くことができます。

最も重要なのはDropboxなどのクラウドストレージとの自動同期が可能であることです。

（これができるならどんなPDF編集ソフトでも良いです。Goodreader等）

PDF Expertを使ったクラウドストレージとのPDF同期、アノテーションのやり方は、

iPadで実現する爆速で論文を購読＆管理する環境と方法［ver.2020春］ | Coarse Paper -> https://coarsepaper.com/ipad-pro-survey3/

を見ると良いと思います。

長くなってきました。PDFへの書き込みはできましたか？

ここまで来たらすでに母艦コンピュータのMendeleyでも下のように書き込みを閲覧できるはず。

Copyrightの問題があるだろうからアブストラクトだけ

Mendeley以外のソフトでこのPDFファイルを開いても自分の書き込みが見れます。

ただし、きれいなPDFファイルはなくなってしまいます。
人に渡すときには新しくダウンロードし直すか、書き込みされたPDFを編集ソフトで開いて書き込みをすべて消してしまいましょう。

また、お気づきだとは思いますが、PDFファイルのMendeley専用クラウドへの同期を停止しているため、母艦以外のMendeley(他のPCやiPad)上ではPDFを閲覧することはできなくなります。

これで困るのは…どうしても他人のPC(図書館とか？)でブラウザ上のMendeleyにログインし、論文PDFを閲覧しなければならない等、かなり特殊な状況と考えられます。

が、その場合でもブラウザ経由でクラウドストレージにアクセスすれば良いでしょう。
まあ気持ちは良くないですよね。わかります…。

また、母艦コンピュータが変更になる際にどうなるかは考えられていません…。上手く引き継げるだろうか…。

追記 2020/04/26 19:41
上手くやれば書き込み済みファイルもWeb版Mendeleyにアップロードできた。
これをマメにやれば引き継ぎも上手くいくでしょう。

1. Web版Mendeleyを開く。
2. 更新したい論文のPDFを消す。
3. 母艦のMendeleyでPDFファイルを登録し直す。
4. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを入れる。
5. Syncする。
6. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを外す。
7. Voila

めっちゃめんどくさい…。
追記ここまで 2020/04/26 19:45

そもそもこれまでしてきた話は、
MendeleyがiOSアプリに手書き機能を追加すれば良いだけ！…Endnoteみたいに！！！！
期待してます。

次の記事ではPC上でのPDF閲覧にはどのソフトを使うとよいか？、そもそも文献管理ソフトはどれを使ったらよいか？、論文の共同執筆に対応する方法は？

の3点について書くと思います。