2020年4月27日月曜日

アメリカ留学 Day98 いい気分でiPadを使って論文を読む (中編)

デジタル時代の論文の読み方(仮)

業界をキャッチアップするためには常に最新の論文を読み続ける必要があります。
また、NatureやScienceは毎週目を通したほうが良いです。
…などと偉そうなことを言っていますが現状上手くできていませんでした。
とりあえずFeedlyに論文誌のRSSを登録して流し見しているような状態です。

時間だけはたっぷりある現状を活かして、うまく最新情報をキャッチアップしつつ、論文執筆にも繋がる論文読みの方法を考えてみました。

全体像は以下の図の様になっています。

この記事では以下の5点のうち、1と2を扱います。

  1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法
  2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法
  3. PCではどのソフトでPDFファイルを読むべきか
  4. 文献管理ソフトはどれが良いか
  5. 論文の共同執筆に対応する良い方法は

1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法

Researcherというサービスを使います。
Researcher | An App For Academics -> https://www.researcher-app.com/


Resercherの細かい解説をしても仕方ないので各自調べてください。
開放しているコメント欄で質問してくれてもOKです。

このResearcherにはMendeleyと連携することで、マークを付けた論文情報をMendeleyに直接インポートすることが可能という神機能があります。

Mendeleyとの連携を設定する画面だけ少しわかりにくいので図示すると、以下の様にPapersのアプリで印を付けた論文のタブにアクセスして、右上のメニュー引き出しボタンをクリックしたあと、Mendeleyのアイコンをクリックすれば連携のための認証画面に飛びます。



Mendeleyとの連携が完了したら、Feedから気になった論文に印を付けましょう。
印が付けられた論文はMendeleyのMy Libraly->Researcer Appというフォルダの中に論文URLなどの必要な情報と共に収められています。
すばらしいですね。


2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法

注 この方法は複数のMendeley間の完全なPDF同期の方法では有りません。
データーベース情報のみを同期します。母艦以外のMendeley上(&ブラウザ版)ではアノテーションされたPDFは同期されません。(が、Mendleyを使わずに閲覧すればよいのです。)

Mendeley専用クラウド上のPDFにアクセスして手書き出来るiOS用アプリケーションにPaperShipというものがあります。これは、かなり完璧に思えるのですが、同期の調子や、Apple pencileとの相性があまり良くありません。また、開発も途絶えかけています。

iPadで論文を読むWorkflow|てくてくぷれいす -> https://murabitoleg.com/ipad-paper-workflow/

そこで、PaperShipを使わずに(できるだけ)同じことが出来るようにします。
まず、母艦コンピュータのMendeleyを開き、PDFファイルをMendeley専用のクラウドとの同期を停止します(そのままだと同期のコンフリクトが起こります)。
この設定は以下の様に、All Documents欄のEdit Settingsボタンをクリックして、Synchronize atacched filesのチェックを外すことで行います。
このチェックを外しても、書誌情報やデーターベースはWeb上のMendeleyやiOS版のMendeleyとも共有されるので論文推薦機能やWordとの連携などに影響を与えることはないはずです。



次に設定メニューを開き、File Organizerタブを選択して以下の様にDropboxにPDFファイルを整理するような設定とします。
(Dropboxでなく、Google driveやBoxでもいいはずです。)
フォルダ分けの設定(Sortfiles into subfolders)とファイル名の付け直し規則(Rename documents files)は好みで良いと思います。

ここでは後々PDFファイルをiPadから探すのでこのようにしています。
こうすると出版年→ジャーナル→著者名で探すことになり、見つけやすいです。
また、ファイル名が整っていると他の人に論文を共有するときかっこいいです。
これでPDFファイルを複数デバイスで共有するための準備が整いました。

次にこのファイルに対してアノテーションをiPadから行います。
PDF Expertを用いました。
このiOSアプリは無料ですが、PDFにApple Pencilを使った手書きができます。
なかなか使い心地も良く、かなり細かい字で注釈を書くことができます。
最も重要なのはDropboxなどのクラウドストレージとの自動同期が可能であることです。
(これができるならどんなPDF編集ソフトでも良いです。Goodreader等)

PDF Expertを使ったクラウドストレージとのPDF同期、アノテーションのやり方は、
iPadで実現する爆速で論文を購読&管理する環境と方法[ver.2020春] | Coarse Paper -> https://coarsepaper.com/ipad-pro-survey3/
を見ると良いと思います。

長くなってきました。PDFへの書き込みはできましたか?
ここまで来たらすでに母艦コンピュータのMendeleyでも下のように書き込みを閲覧できるはず。

Copyrightの問題があるだろうからアブストラクトだけ

Mendeley以外のソフトでこのPDFファイルを開いても自分の書き込みが見れます。

ただし、きれいなPDFファイルはなくなってしまいます。
人に渡すときには新しくダウンロードし直すか、書き込みされたPDFを編集ソフトで開いて書き込みをすべて消してしまいましょう。

また、お気づきだとは思いますが、PDFファイルのMendeley専用クラウドへの同期を停止しているため、母艦以外のMendeley(他のPCやiPad)上ではPDFを閲覧することはできなくなります。

これで困るのは…どうしても他人のPC(図書館とか?)でブラウザ上のMendeleyにログインし、論文PDFを閲覧しなければならない等、かなり特殊な状況と考えられます。

が、その場合でもブラウザ経由でクラウドストレージにアクセスすれば良いでしょう。
まあ気持ちは良くないですよね。わかります…。

また、母艦コンピュータが変更になる際にどうなるかは考えられていません…。上手く引き継げるだろうか…。

追記 2020/04/26 19:41
上手くやれば書き込み済みファイルもWeb版Mendeleyにアップロードできた。
これをマメにやれば引き継ぎも上手くいくでしょう。

  1. Web版Mendeleyを開く。
  2. 更新したい論文のPDFを消す。
  3. 母艦のMendeleyでPDFファイルを登録し直す。
  4. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを入れる。
  5. Syncする。
  6. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを外す。
  7. Voila

めっちゃめんどくさい…。
追記ここまで 2020/04/26 19:45

そもそもこれまでしてきた話は、
MendeleyがiOSアプリに手書き機能を追加すれば良いだけ!…Endnoteみたいに!!!!
期待してます。



次の記事ではPC上でのPDF閲覧にはどのソフトを使うとよいか?、そもそも文献管理ソフトはどれを使ったらよいか?、論文の共同執筆に対応する方法は?

の3点について書くと思います。

2020年4月26日日曜日

アメリカ留学 Day97 いい気分でiPadを使って論文を読め (前編)

論文を読む媒体

論文を読むとき、最も一般的な方法は印刷することでは無いでしょうか?

以下は私が考える紙で論文を読むメリットです 。
  • 単体では軽い(一般的なコピー用紙で密度64g/m²、一枚4g)
  • 目に優しい(と思う、光源でないからだと思います)
  • 畳める、切れる、貼れる(物理的編集の可能性)
  • 書き込める
  • 保存可能な期間が長い

デメリット
  • サプライのコスト(紙、プリンター維持費)
  • 単体で軽くてもチリツモで重くなる、嵩張る
  • 保存のために手間がある(読み終わった論文のフォルダ分け、保存のための物理空間の確保)
  • 検索性確保のために手間がある
かなあと思います。

最近では、MS Wordと連携して引用や文献リストの作成が簡単にできる無料の論文管理ソフトがあり、これらのソフトに論文を管理させてあげるメリットも山程あります。
例えば、以下はElsevierが所有するMendeleyを使うメリットです。
  • クラウド上に論文ファイルを保存することで複数のデバイスに同じ環境を同期できる。
  • 保存している論文を学習しておすすめの論文を推薦してくれる。
  • 書誌情報が変更されてもワンクリックで更新ができる。
  • などなど

これを利用しない手は有りません。
そしてどうせデジタルで論文を管理するなら、読む段階で一度紙に印刷してフィジカルを経由する手間を回避したいものです。
デジタルで論文を読む方法には概ね以下の流派がありそうです。
  • PC画面上でPDF編集ソフトでテキストアノテーション、ハイライトをつけていく。
  • PC画面上でマークアップエディタ等を用いて論文と対になるドキュメントを作る。
  • iPadなどで手書きを含むアノテーションをつける。

このなかで私は手書きを含むアノテーションをつける方法が一番理解が進むような気がしています。
手書きならば、図を描いて理解を早める事ができます。


iPadなどを活用した論文管理の最適化については様々な記事がWeb上に存在しています。

参考 (Google Search, past year)


  1. iPadで論文を読むWorkflow|てくてくぷれいす -> https://murabitoleg.com/ipad-paper-workflow/
  2. goodnotesとiPadで論文読むととても捗るのでみんなもやろう -> https://leeza-phoneki.com/2019/06/03/enjoy-goodnotes/
  3. iPadで実現する爆速で論文を購読&管理する環境と方法[ver.2020春] | Coarse Paper -> https://coarsepaper.com/ipad-pro-survey3/

iPadを用いる方法でも人によって色々なやり方があります。大学が契約しているクラウドストレージとの兼ね合いもあるはずです。手書きしながら論文を読めればそれでいいという人もいれば、リファレンスへの利用までの方法も最適化したい人も居ます。

長くなりそうなので、次回詳しく説明したいと思います。


必要なハードウエアとソフトウエアを纏めておきます。

ハード
  • PC (WindowsでもMacでも良い。Linuxはわからない)
  • スタイラスが使いやすいタブレット端末(iPad、Androidタブでもいけるはず)
  • スタイラス
ソフト



2020年3月22日日曜日

アメリカ留学 Day61 時系列

#StayAtHome

外に出ずに8日が経ちました。
スーパーがどうなっているかも知りません。
そろそろ食料を確保しないとまずいですね。

出来る範囲でメリーランド州と研究所の時系列を整理しておきます。

2/28 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第2報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事: カリフォルニアにて初めての市中感染疑い

要請:感染予防に努め、事前の備えを確認

3/3 研究室メールでの新型コロナウイルス対策の配信

教授より

出来事: 九州大学に出張したUMBCファカルティが帰国後自主隔離中

要請:新型コロナウイルスへの対策を要請、具体的には2-3ヶ月分の研究資材を今日中に発注、自分もしくは同居人の体調が悪い場合は研究室にこないように要請。

3/5 ラボ内ミーティング

教授より

出来事: 研究所が閉鎖される場合に備えて緊急連絡先を作成

3/5 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第3報)の配信

在アメリカ合衆国日本大使館より

出来事: メリーランド州にて海外旅行から帰国した3名が陽性

要請:感染予防に努め、パニックに陥らずこれまでどおりの生活を継続、各個対策を検討

3/6 研究室メールでの新型コロナウイルス対策の配信

教授より

出来事:研究所に入所後に手を洗うことを促す掲示物を掲出要請

3/6 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第4報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:日本における入国制限措置

3/7 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第5報)の配信

在アメリカ合衆国日本大使館より

出来事:ワシントンDC(経路不明)、バージニア州にて陽性患者

3/9 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第6報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州(ワシントンDC、メリーランド州、バージニア州)における陽性患者の増加

要請:一定期間内に特定の教会を訪れた者に対して14日の自主隔離を要請

3/9 ACS National Meetingの中止

アメリカ化学会より

出来事:アメリカ化学会の春季年会が中止に

3/10 ラボ内ミーティング

教授より

出来事:大学の春休みが早まったことを報告、その後n遠隔授業を示唆。研究所閉鎖時のための入所許可人員を申請するためのリストを作成

3/11 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第7報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州における要請患者の増加、ワシントンDCにおいてState of EmargencyおよびPublic Health Emargenvyを宣言

要請:ワシントンDCにおいて1000人以上が集まる不要不急の大規模集会・会議を延期または中止、1000人未満であっても再検討を要請。

3/12 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第8報)の配信

在アメリカ合衆国日本大使館より

出来事:管轄三州における患者の増加、バージニア州が非常事態を宣言

要請:メリーランド州では州内すべての公立学校を休校(3/16-3/27)、250人以上の集会を禁止、基幹職員を除く州政府職員のテレワークを義務化

3/13 研究所の閉鎖


3/13 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第9報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州における患者の増加、トランプ大統領が国家非常事態宣言を宣言

3/16 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第10報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:在アメリカ合衆国日本大使館の人員体制の縮小の通知

3/16 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第11報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州における患者の増加

要請:メリーランドでは州内すべてのカジノ施設・競馬場を一時閉鎖、州内すべてのバー、レストラン、フィットネスセンター、映画館を閉鎖。50人以上の集会を禁止、電気ガス水道などの未払いによるサービス停止、未払い料金請求の禁止、など。

3/17 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第12報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州における患者の増加

要請:メリーランドでは州内すべての車両排気検査プログラムステーションをドライブスルー方式のコロナウイルス検査センターへ転用、州民が不必要な旅行を避け、搭乗客および従業員以外がボルチモアワシントン国際空港へ近づくことを厳に控えるよう要請。州の公共交通機関を減便、医療従事者、警察官の利用を優先など。

3/19 ラボのWebミーティング(第1回)


3/19 新型コロナウイルスに関する注意喚起(第13報)の配信

在アメリカ合衆国日本国大使館より

出来事:管轄三州における患者の増加、米国査証プロセス停止、米国市民の国際渡航の抑制勧告

要請:メリーランドでは10人を超えるあらゆる集会の禁止、ショッピングモール、ボーリング場、ビリヤード上を閉鎖、University system of Marylandに加盟する大学の授業はオンラインのみとするように要請