2020年10月4日日曜日

アメリカ留学 Day258 チェダーカルボナーラのつくれぽ

留学してから、アメリカで頑張っている学生、活躍している研究者のTwitterアカウントをフォローするようになりました。今自分の周りに日本人が居ないけれどもこの広いアメリカの中で頑張っている人がいることは心の支えになります。(たまに自己嫌悪の源になることもありますのでTwitterや5chはほどほどに…。)

たびたび在米研究者Twitterの間で話題に挙がるのが、ずかしさんと言う方が運営しているTwitterアカウント https://twitter.com/ZukashiT およびウェブサイト "メリカで食べようずかしめし 食い物のエ○サイト♡在米レシピ オカズにしてください(以下、ずかしめし)" https://zukashi.com/tag/allstar/ です。面識はありませんが、皆さんが先生と呼んでいるので私もずかし先生と呼ばせていただいています。

ずかしめしでは、アメリカで入手できる食材で日本人の舌にあう料理の情報が多数提供されています。どのメニューも美味しそうかつ、入手性の良い食材が使われていることから、真似してみたい!という魅力に溢れています。

今回、私は数あるずかしめしレシピの中から「チェダーカルボナーラ」に注目し、毎晩チェダーカルボナーラを制作することで研鑽を積み、数十回の試行を経て、自分なりの完成形に到達したのでつくれぽを投稿します。まずは本家本元のレシピをご確認ください。https://zukashi.com/checal/

チェダーカルボナーラ

まず、フライパンに適当に水道水を貯める。つぎに何よりも先に強火にかける、以降ずっと強火です。大きい容器で売られている安い塩をたっぷり茹で汁に投入するのを忘れずに。ひとつまみなんてものではありません。茹で汁をなめてみて確かなエンミを感じるくらい。味噌汁くらいの塩分は入れたい。

次に、ベーコンスライス2枚を別のフライパンで適当に温めて脂を出す。ベーコンは米魂と綴られるようにアメリカの魂なので適当に扱っても味を出してくれる。引くほど脂が出るので、ブラックペッパーを挽き入れます。もう熱を入れる必要がないので消え入りそうな弱火にしておく。


そんなことをやっているうちに茹で汁が沸騰してくるので、パスタを投入します。湯で時間が短い細めのスパゲティを使いますが、幅広なやつのがクリームが絡んで美味しいかもしれない。イタリア人のことは気にせず折らせていただきます。物の本によると、綺麗に真っ二つにするにはねじりながらやるのが大切とのこと。Controlling fracture cascades through twisting and quenching | PNAS -> https://www.pnas.org/content/115/35/8665

パスタがいい感じに柔らかくなったら、米魂脂の中に投入します。この時、ざるを使わずに箸やトングで直接移すことで塩が入った茹で汁がコンタミネーションし、いいエンミになる。

そして、上からチェダーチーズ、全卵を投下。

よく混ぜます。白身が固まっても気にしない。あるいは脂が十分に冷えていなかったかもしれない。

クリームの粘度を茹で汁でお好みに調整する。

盛り付けてブラックペッパーを追いがけして完成です。カイエンペッパー粉末をふりかけて、辛みを追加しても美味しくなります。米魂脂ににんにくを投入しても美味しくなります。

2020年4月27日月曜日

アメリカ留学 Day98 いい気分でiPadを使って論文を読む (中編)

デジタル時代の論文の読み方(仮)

業界をキャッチアップするためには常に最新の論文を読み続ける必要があります。
また、NatureやScienceは毎週目を通したほうが良いです。
…などと偉そうなことを言っていますが現状上手くできていませんでした。
とりあえずFeedlyに論文誌のRSSを登録して流し見しているような状態です。

時間だけはたっぷりある現状を活かして、うまく最新情報をキャッチアップしつつ、論文執筆にも繋がる論文読みの方法を考えてみました。

全体像は以下の図の様になっています。

この記事では以下の5点のうち、1と2を扱います。

  1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法
  2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法
  3. PCではどのソフトでPDFファイルを読むべきか
  4. 文献管理ソフトはどれが良いか
  5. 論文の共同執筆に対応する良い方法は

1. 読むべき新しい論文を日々見つけ続ける方法

Researcherというサービスを使います。
Researcher | An App For Academics -> https://www.researcher-app.com/


Resercherの細かい解説をしても仕方ないので各自調べてください。
開放しているコメント欄で質問してくれてもOKです。

このResearcherにはMendeleyと連携することで、マークを付けた論文情報をMendeleyに直接インポートすることが可能という神機能があります。

Mendeleyとの連携を設定する画面だけ少しわかりにくいので図示すると、以下の様にPapersのアプリで印を付けた論文のタブにアクセスして、右上のメニュー引き出しボタンをクリックしたあと、Mendeleyのアイコンをクリックすれば連携のための認証画面に飛びます。



Mendeleyとの連携が完了したら、Feedから気になった論文に印を付けましょう。
印が付けられた論文はMendeleyのMy Libraly->Researcer Appというフォルダの中に論文URLなどの必要な情報と共に収められています。
すばらしいですね。


2. アノテーション済みファイルの複数デバイス間での同期方法

注 この方法は複数のMendeley間の完全なPDF同期の方法では有りません。
データーベース情報のみを同期します。母艦以外のMendeley上(&ブラウザ版)ではアノテーションされたPDFは同期されません。(が、Mendleyを使わずに閲覧すればよいのです。)

Mendeley専用クラウド上のPDFにアクセスして手書き出来るiOS用アプリケーションにPaperShipというものがあります。これは、かなり完璧に思えるのですが、同期の調子や、Apple pencileとの相性があまり良くありません。また、開発も途絶えかけています。

iPadで論文を読むWorkflow|てくてくぷれいす -> https://murabitoleg.com/ipad-paper-workflow/

そこで、PaperShipを使わずに(できるだけ)同じことが出来るようにします。
まず、母艦コンピュータのMendeleyを開き、PDFファイルをMendeley専用のクラウドとの同期を停止します(そのままだと同期のコンフリクトが起こります)。
この設定は以下の様に、All Documents欄のEdit Settingsボタンをクリックして、Synchronize atacched filesのチェックを外すことで行います。
このチェックを外しても、書誌情報やデーターベースはWeb上のMendeleyやiOS版のMendeleyとも共有されるので論文推薦機能やWordとの連携などに影響を与えることはないはずです。



次に設定メニューを開き、File Organizerタブを選択して以下の様にDropboxにPDFファイルを整理するような設定とします。
(Dropboxでなく、Google driveやBoxでもいいはずです。)
フォルダ分けの設定(Sortfiles into subfolders)とファイル名の付け直し規則(Rename documents files)は好みで良いと思います。

ここでは後々PDFファイルをiPadから探すのでこのようにしています。
こうすると出版年→ジャーナル→著者名で探すことになり、見つけやすいです。
また、ファイル名が整っていると他の人に論文を共有するときかっこいいです。
これでPDFファイルを複数デバイスで共有するための準備が整いました。

次にこのファイルに対してアノテーションをiPadから行います。
PDF Expertを用いました。
このiOSアプリは無料ですが、PDFにApple Pencilを使った手書きができます。
なかなか使い心地も良く、かなり細かい字で注釈を書くことができます。
最も重要なのはDropboxなどのクラウドストレージとの自動同期が可能であることです。
(これができるならどんなPDF編集ソフトでも良いです。Goodreader等)

PDF Expertを使ったクラウドストレージとのPDF同期、アノテーションのやり方は、
iPadで実現する爆速で論文を購読&管理する環境と方法[ver.2020春] | Coarse Paper -> https://coarsepaper.com/ipad-pro-survey3/
を見ると良いと思います。

長くなってきました。PDFへの書き込みはできましたか?
ここまで来たらすでに母艦コンピュータのMendeleyでも下のように書き込みを閲覧できるはず。

Copyrightの問題があるだろうからアブストラクトだけ

Mendeley以外のソフトでこのPDFファイルを開いても自分の書き込みが見れます。

ただし、きれいなPDFファイルはなくなってしまいます。
人に渡すときには新しくダウンロードし直すか、書き込みされたPDFを編集ソフトで開いて書き込みをすべて消してしまいましょう。

また、お気づきだとは思いますが、PDFファイルのMendeley専用クラウドへの同期を停止しているため、母艦以外のMendeley(他のPCやiPad)上ではPDFを閲覧することはできなくなります。

これで困るのは…どうしても他人のPC(図書館とか?)でブラウザ上のMendeleyにログインし、論文PDFを閲覧しなければならない等、かなり特殊な状況と考えられます。

が、その場合でもブラウザ経由でクラウドストレージにアクセスすれば良いでしょう。
まあ気持ちは良くないですよね。わかります…。

また、母艦コンピュータが変更になる際にどうなるかは考えられていません…。上手く引き継げるだろうか…。

追記 2020/04/26 19:41
上手くやれば書き込み済みファイルもWeb版Mendeleyにアップロードできた。
これをマメにやれば引き継ぎも上手くいくでしょう。

  1. Web版Mendeleyを開く。
  2. 更新したい論文のPDFを消す。
  3. 母艦のMendeleyでPDFファイルを登録し直す。
  4. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを入れる。
  5. Syncする。
  6. 母艦のSynchronize atacched filesにチェックを外す。
  7. Voila

めっちゃめんどくさい…。
追記ここまで 2020/04/26 19:45

そもそもこれまでしてきた話は、
MendeleyがiOSアプリに手書き機能を追加すれば良いだけ!…Endnoteみたいに!!!!
期待してます。



次の記事ではPC上でのPDF閲覧にはどのソフトを使うとよいか?、そもそも文献管理ソフトはどれを使ったらよいか?、論文の共同執筆に対応する方法は?

の3点について書くと思います。

2020年4月26日日曜日

アメリカ留学 Day97 いい気分でiPadを使って論文を読め (前編)

論文を読む媒体

論文を読むとき、最も一般的な方法は印刷することでは無いでしょうか?

以下は私が考える紙で論文を読むメリットです 。
  • 単体では軽い(一般的なコピー用紙で密度64g/m²、一枚4g)
  • 目に優しい(と思う、光源でないからだと思います)
  • 畳める、切れる、貼れる(物理的編集の可能性)
  • 書き込める
  • 保存可能な期間が長い

デメリット
  • サプライのコスト(紙、プリンター維持費)
  • 単体で軽くてもチリツモで重くなる、嵩張る
  • 保存のために手間がある(読み終わった論文のフォルダ分け、保存のための物理空間の確保)
  • 検索性確保のために手間がある
かなあと思います。

最近では、MS Wordと連携して引用や文献リストの作成が簡単にできる無料の論文管理ソフトがあり、これらのソフトに論文を管理させてあげるメリットも山程あります。
例えば、以下はElsevierが所有するMendeleyを使うメリットです。
  • クラウド上に論文ファイルを保存することで複数のデバイスに同じ環境を同期できる。
  • 保存している論文を学習しておすすめの論文を推薦してくれる。
  • 書誌情報が変更されてもワンクリックで更新ができる。
  • などなど

これを利用しない手は有りません。
そしてどうせデジタルで論文を管理するなら、読む段階で一度紙に印刷してフィジカルを経由する手間を回避したいものです。
デジタルで論文を読む方法には概ね以下の流派がありそうです。
  • PC画面上でPDF編集ソフトでテキストアノテーション、ハイライトをつけていく。
  • PC画面上でマークアップエディタ等を用いて論文と対になるドキュメントを作る。
  • iPadなどで手書きを含むアノテーションをつける。

このなかで私は手書きを含むアノテーションをつける方法が一番理解が進むような気がしています。
手書きならば、図を描いて理解を早める事ができます。


iPadなどを活用した論文管理の最適化については様々な記事がWeb上に存在しています。

参考 (Google Search, past year)


  1. iPadで論文を読むWorkflow|てくてくぷれいす -> https://murabitoleg.com/ipad-paper-workflow/
  2. goodnotesとiPadで論文読むととても捗るのでみんなもやろう -> https://leeza-phoneki.com/2019/06/03/enjoy-goodnotes/
  3. iPadで実現する爆速で論文を購読&管理する環境と方法[ver.2020春] | Coarse Paper -> https://coarsepaper.com/ipad-pro-survey3/

iPadを用いる方法でも人によって色々なやり方があります。大学が契約しているクラウドストレージとの兼ね合いもあるはずです。手書きしながら論文を読めればそれでいいという人もいれば、リファレンスへの利用までの方法も最適化したい人も居ます。

長くなりそうなので、次回詳しく説明したいと思います。


必要なハードウエアとソフトウエアを纏めておきます。

ハード
  • PC (WindowsでもMacでも良い。Linuxはわからない)
  • スタイラスが使いやすいタブレット端末(iPad、Androidタブでもいけるはず)
  • スタイラス
ソフト